Az Arany János Tehetséggondozó Programot (továbbiakban Program) 2000-ben indította el a Kormány. A Program létrejöttének hátterében azok a szociológiai felmérések álltak, amelyek szerint a különösen népszerű egyetemi karokon – mint a jogi, közgazdasági, orvosi csupán másfél százalékra tehető az ötezernél kevesebb lélekszámú településről származó hallgatók aránya. A Program létrejöttét az az elv segítette, hogy meg kell adni az esélyt arra, hogy Magyarország valamennyi polgára versenyképes tudással rendelkezhessen.

A Program létrejöttét meghatározta, hogy a közoktatás egyik legfontosabb feladata hozzájárulni a társadalmi esélyegyenlőtlenségek mérsékléséhez. A társadalom azon csoportjai számára, akik a rendszerváltás során a gazdasági átalakulás veszteseivé váltak, a felemelkedés útja szinte kizárólag a minőségi – társadalmi, gazdasági pozíciók betöltésére alkalmas és jól átváltható – tudás megszerzésén keresztül vezet.

A Program az iskolát a társadalmi mobilitás kitüntetett intézményének tekinti, amelynek meghatározó szerepe van abban, hogy a társadalmi előrejutást minél inkább a tanuló tehetsége, szorgalma, ne pedig családja anyagi helyzete, szülei foglalkozása vagy éppen lakhelye határozza meg.

A Program alapleve, hogy minden tanuló – függetlenül az adott település földrajzi és anyagi helyzetétől – a társadalmi felemelkedés esélyét biztosító képzést kapjon.

A Programban kulcsszerepük van a kiemelkedő képzést nyújtó középiskolák mellett a kollégiumoknak is, hiszen a kistelepüléseken vagy a kedvezőtlen körülmények között élő fiatalok számára a kollégiumokon keresztül vezet az út a versenyképes tudás megszerzéséhez.

A Program indulásakor az 5000 fő alatti települések diákjai számára volt nyitott, majd 2003-ban a kistelepülési – de nem feltétlenül egyéni szociális – hátrányok leküzdése helyett az egyéni szociális – de nem feltétlenül kistelepülési – hátrányok csökkentésére került a hangsúly. (Azaz 2003 óta nagyobb településekről is bekerülhetnek diákok, de csak hátrányos helyzetűek kerülhetnek be.) 
A program elnevezése is ekkor változott meg, és lett a „Hátrányos Helyzetű Tanulók Arany János Tehetséggondozó Programja”.

A Program meghatározó elemei:

• a Programba az alapító intézményei: középiskolák (gimnáziumok és szakközépiskolák), illetve kollégiumok (önállóak vagy a közös igazgatásúak) pályázhattak közösen kialakított programmal, és a programot, később annak felülvizsgálatát és továbbfejlesztését alapvetően az intézmények önfejlesztő munkája határozta és határozza meg;
• a Program céljai között szerepel, hogy az intézmények nevelő-oktató munkájukkal segítsék a kistelepülésekről, nagyvárosok leszakadó perem kerületeiből érkező hátrányos helyzetű tanulók társadalmi mobilitását, készítsék fel őket arra, hogy meg tudjanak felelni a munkaerőpiac elvárásainak, továbbtanulás esetén a modern értelmiségi lét kihívásainak;
• a Program olyan emberré neveli és oktatja a diákokat, akik nyitottak a nemzeti és az európai értékekre, egészséges énképpel, szociális kompetenciával rendelkeznek, képesek hatékony önmenedzselésre, kialakul bennük az igény, a hajlandóság, a készség az élethossziglan tanulásra;
• a Program céljainak megvalósítása 5 éves – a középiskola kilencedik évfolyamán kezdődő és tizenharmadik évfolyamán befejeződő - képzésben történik. A diákok a középiskolában a 9. évfolyamon külön osztályt képeznek, a magasabb – különösen a 12-13. – évfolyamokon részben vagy teljes mértékben a más képzési formákban résztvevő iskolatársaikkal integráltan tanulhatnak;
• a 9. évfolyamon a nevelő-oktató munkát meghatározó tantárgyi programokat a középiskolában és részben a kollégiumban erre a programra akkreditáltatta a Program Intézményeinek Egyesülete;
• a Program mind a 9. évfolyamon, mind később nagy hangsúlyt helyez a tehetségfejlesztésre, a tehetséggondozásra, a tehetséges tanulók képességeinek sokoldalú és differenciált fejlesztésére. A tehetségfejlesztés útjai közül a mélységben történő (tudás alkalmazása, kompetenciák kialakítása), tartalomban (tanulóknak szerkesztett tananyag), tempóban történő (a tanuló eltérő tanulási tempójának figyelembe vétele), feldolgozási képességben (kreativitás, kritikus gondolkodás, problémamegoldó gondolkodás) történő gazdagítást részesíti előnyben;
• az Arany János-i blokknak nevezett önismeret/drámapedagógia és tanulásmódszertan/kommunikáció az 5 év folyamán kiemelten segíti a tanulók személyiségfejlesztését, a tehetség intellektuális képességelemének fejlesztésén túl a motivációs bázis és a kreativitás fejlesztését is;
• az 5 éves képzés során a Program kiemelt céljai között szerepel, hogy a tanulók felkészültek legyenek felsőoktatási intézményben történő továbbtanulásra; angol (vagy más idegen nyelvből) középfokú nyelvismeretük legyen, informatikából szerezzék meg az ECDL-bizonyítványt, valamint cél, hogy a Program végére a tanulók lehetőleg gépjárművezetői engedéllyel is rendelkezzenek;
• a tanulók a Programban rendszeresen részt vesznek az évente szervezett művészeti és sporttalálkozókon, a szaktáborokban, versenyeken, amelyek a tanórai és tanórán kívüli tevékenységek keretében történő felkészüléssel együtt hozzájárulnak a képességek differenciált fejlesztéséhez, a tehetségek kibontakoztatásához, továbbá a programban részvevők közös tudatának kialakulásához, összetartozásának segítéséhez, az intézményközi kapcsolatok erősödéséhez;
• a Programban résztvevő tanulók rendszeresen szerepelnek a regionális és országos tanulmányi versenyeken.